馬祖酒廠實業(yè)股份有限公司正式成立于1999年8月8日。董事會下設(shè)南竿廠、東引廠及臺北營業(yè)處，其經(jīng)營型態(tài)以公司體制運作，為連江縣所屬的公營事業(yè)公司，肩負馬祖地區(qū)主要財源收入之重任。

馬祖酒廠南竿廠前身設(shè)址于復(fù)興村的「中興酒廠」，成立于1956年，循古法釀酒，早年以生產(chǎn)老酒、高粱酒及藥酒為主。1970年擴建廠房于現(xiàn)址，更名為馬祖酒廠，始初具規(guī)模，產(chǎn)量逐年遞增。南竿廠以生產(chǎn)大麴、高梁、藥酒和陳年老酒受歡迎，如今由世華企業(yè)公司代理的「八八坑道」系列高粱酒，更是聲名遠播。

南竿廠窖藏于八八坑道中的馬祖老酒，由于存放時間超過17年，香醇柔順，口感特佳，2008年5月20日，被馬英九總統(tǒng)指定為總統(tǒng)副總統(tǒng)就職國宴酒，經(jīng)國內(nèi)各大媒體大幅報導(dǎo)，馬祖陳年老酒頓時聲名大噪，銷量大增。

東引酒廠草創(chuàng)于1956年冬，原名「中興酒廠東引分廠」，1961年東引指揮部接管更名為東引酒廠。1979年謝久任指揮官時，斥資新臺幣1200萬元進行擴廠，至1980年7月竣工，始具備現(xiàn)代化酒廠規(guī)模。東引廠以釀制高粱酒為主，包括大麴酒、高粱酒及陳年高粱酒，早年曾經(jīng)生產(chǎn)風(fēng)濕酒、黃龍酒、百子千歲酒等各式藥酒，近年已停產(chǎn)。

歷數(shù)十年來，東引廠在品質(zhì)、釀造技術(shù)和產(chǎn)量方面，均有突破性進步，尤其以東涌陳高，遠近聞名，近年來，并已成為馬祖地區(qū)銷量較高的白酒，曾經(jīng)數(shù)度供不應(yīng)求，造成缺貨，由此可見東涌陳高受到歡迎的程度。